不登校のお子さんを持つご家庭にとって、フリースクールは大切な居場所の一つです。しかし、公立学校とは異なり、フリースクールの利用料は全額自己負担となるケースが多く、月々の月謝が家計に重くのしかかることも少なくありません。
最近では、こうした経済的負担を軽減するために「フリースクール 補助金 自治体 一覧」を検索して、公的な支援を探す保護者の方が増えています。国や自治体の動きも少しずつ活発になっており、地域によっては月数万円単位の補助を受けられるケースも出てきました。
この記事では、補助金制度を導入している自治体の事例や、申請に必要な条件、手続きの流れについて分かりやすく丁寧に解説します。お子さんにぴったりの学びの場を無理なく継続させるための、役立つ情報をお届けしますので、ぜひ最後までご覧ください。
フリースクールで活用できる補助金や自治体一覧の現状

フリースクールに通うための費用支援は、全国すべての自治体で一律に行われているわけではありません。現状では、自治体の財政状況や不登校支援への取り組み姿勢によって、支援の有無や内容に大きな差があるのが実情です。
そもそもフリースクールの費用負担はどれくらい?
フリースクールを利用する際、保護者が負担する金額は平均して月額3万円から5万円程度といわれています。入会金や教材費、イベント参加費などを含めると、年間で50万円以上の支出になることも珍しくありません。
公立小中学校であれば授業料が無料であることを考えると、この負担は非常に大きいものです。文部科学省の調査でも、フリースクールを利用しない理由として「経済的な理由」を挙げる保護者が多いことが明らかになっています。
こうした状況を背景に、教育機会確保法に基づき、学校以外の学び場での活動を支援しようとする動きが自治体レベルで広がっています。まずはご自身の住んでいる地域にどのような制度があるかを知ることが、負担軽減への第一歩となります。
2024年最新版:補助金制度を導入している主な自治体
現在、フリースクールの利用料に対して直接的な補助を行っている主な自治体を紹介します。特に手厚い支援で注目されているのが東京都です。東京都では都内全域を対象とした大規模な補助制度を開始しました。
【主な補助金実施自治体の例】
・東京都:フリースクール等利用者支援事業(最大月額2万円)
・大阪府大阪市:塾代助成事業(フリースクールも対象、月額最大1万円)
・千葉県千葉市:フリースクール等利用料補助(月額最大1万円)
・神奈川県大和市:フリースクール利用料補助金(月額最大1万円)
このほかにも、滋賀県や埼玉県の一部の市町村など、独自の予算を組んで支援を行っている地域が増えています。ただし、これらの制度は「年度ごとに予算が決まる」ため、最新の情報を自治体のホームページで確認することが欠かせません。
一覧に名前がない自治体であっても、「不登校児童生徒支援」などの名称で窓口が設けられている場合があります。まずは教育委員会の指導課などに問い合わせてみることをおすすめします。
自治体によって異なる支援内容のパターン
補助金の内容は、大きく分けて3つのパターンがあります。一つ目は、保護者が支払った月謝に対して一定額をキャッシュバックする「直接補助型」です。東京都の制度はこの形に近く、利用者の負担を直接的に減らす効果があります。
二つ目は、あらかじめ決められた「クーポン」を配布し、それをスクールへの支払いに充てる「バウチャー(クーポン)型」です。大阪市などが採用しており、現金給付よりも使途が明確であるという特徴があります。
三つ目は、フリースクールという名称の施設ではなく、民間施設に通うための「交通費」を助成するパターンです。利用料そのものの補助はなくても、通学定期券の割引やバス代の補助が受けられる自治体は比較的多く存在します。
自分の住む地域がどのパターンに当てはまるのか、あるいは複数の制度を組み合わせて利用できるのかを確認しておくことが大切です。
東京都など先進的な自治体による具体的な支援策

全国に先駆けて手厚い支援を行っている自治体では、具体的にどのような内容が実施されているのでしょうか。ここでは、他地域のモデルケースともなっている東京都や大阪市の事例を詳しく見ていきましょう。
東京都の「フリースクール等利用料補助」の詳細
東京都では、不登校のお子さんがフリースクール等を利用する際の経済的負担を軽減するため、令和6年度から大幅な支援拡充を行っています。対象となるのは、都内に居住し、不登校の状態にある小中学生の保護者です。
補助額はお子さん一人につき最大で月額2万円となっており、年間に換算すると24万円もの負担軽減につながります。この制度の大きな特徴は、特定の認定施設だけでなく、一定の要件を満たす幅広い施設が対象となっている点です。
申請には、施設側が発行する利用証明書や、在籍校との連携状況を示す書類が必要になります。都の専用ポータルサイトを通じてオンライン申請ができるなど、利便性も考慮されていますが、所得制限が設けられている点には注意が必要です。
大阪市・千葉市などの「塾代助成」や独自支援
大阪市では「大阪市塾代助成事業」という名称で、月額1万円を上限としたカード形式の支援を行っています。当初は塾の費用がメインでしたが、現在は多くのフリースクールも対象施設として登録されています。
千葉市では、フリースクール等を利用する世帯に対し、月額1万円を上限に利用料を補助しています。こちらは市民税非課税世帯や所得制限以下の世帯を対象としており、経済的に厳しい家庭を優先的に支える仕組みとなっています。
これらの自治体に共通しているのは、「学校外の学び」を教育の選択肢として正式に認めているという姿勢です。こうした地域では、補助金だけでなく、学校との出席扱いに関する連携もスムーズに進みやすい傾向にあります。
地方自治体が実施する「通学費補助」の仕組み
利用料の補助とは別に、多くの自治体で導入されているのが「通学費の助成」です。フリースクールが自宅から遠い場合、交通費だけで月に1万円以上かかることもあります。これを公費でサポートしてくれる制度です。
具体的には、公共交通機関の定期券購入費用の半額から全額を補助するケースや、特定の距離以上を通学する場合に定額を支給するケースがあります。申請には、学校長が「その施設への通所が教育上有効である」と認める書類が必要になることが一般的です。
たとえ利用料の補助がない地域であっても、通学費の助成であれば相談に乗ってもらえる可能性があります。まずは学校の担任の先生や、教育委員会の相談窓口へ「通学費のサポートはありますか」と尋ねてみてください。
補助金を受けるための条件と対象となる施設

「うちの子が通っている場所も補助金の対象になるの?」と疑問に思う方も多いでしょう。補助金を受けるためには、自治体が定めた一定のハードルをクリアする必要があります。ここでは一般的な条件について解説します。
支援対象となる「フリースクール」の定義とは?
実は「フリースクール」という言葉に法律上の厳密な定義はありません。そのため、自治体の補助金制度では、対象となる施設の条件を独自に細かく設定しています。一般的には以下のような項目がチェックされます。
・不登校児童生徒を対象とした継続的な活動実績がある(例:1年以上)
・適切な指導員や相談員が配置されている
・学習支援や教育相談、体験活動などを計画的に提供している
・施設の安全性が確保されている
すべての民間施設が対象になるわけではなく、例えば「単なる学習塾」や「1日単位のワークショップ」は対象外になることがほとんどです。自治体のホームページには、「対象施設一覧」が掲載されていることが多いので、まずはそのリストを確認しましょう。
補助金申請に必要な「出席扱い」と学校の連携
多くの自治体では、補助金の支給条件として「フリースクールへの通所が学校の出席扱いになっていること」を重視しています。これは、学校とフリースクールが連携し、お子さんの成長を共に見守っていることを確認するためです。
出席扱いにしてもらうためには、保護者が学校に対して「フリースクールに通うことで学びを継続したい」という意向を伝え、校長先生の承認を得る必要があります。学校側がその活動を把握していないと、補助金の申請が通らないケースもあります。
具体的には、フリースクールでの活動記録を定期的に学校へ提出するなどのプロセスが必要です。この連携は補助金のためだけでなく、将来の進路指導や内申点への配慮という点でも非常に重要な意味を持ちます。
保護者の所得制限や支給期間に関する注意点
補助金制度の多くには「所得制限」が設けられています。世帯年収が一定額を超えている場合、支給額が減額されたり、対象から外れたりすることがあります。これは限られた予算をより必要性の高い世帯へ配分するためです。
また、支給期間についても注意が必要です。多くの補助金は「年度単位」で管理されており、毎年4月に再申請が必要になるケースがほとんどです。また、年度の途中で申請した場合は、申請した月からの支給となり、遡って受給できないこともあります。
補助金を申請する際の手順と必要な書類

補助金の存在を知っても、手続きが難しそうで二の足を踏んでしまうかもしれません。しかし、一つひとつ手順を確認していけば決して難しいことではありません。一般的な申請の流れと準備すべき書類を整理しました。
各自治体の窓口やオンラインでの申請の流れ
申請の窓口は、市役所の「教育委員会」や「こども家庭課」などが担当していることが多いです。最近では、わざわざ窓口へ行かなくても、スマートフォンやパソコンから専用サイトを通じて申請できる自治体が増えています。
一般的な流れとしては、まず対象施設の確認を行い、その後、自治体の指定するフォームで「利用登録」を行います。登録が完了すると、数ヶ月に一度(または毎月)、実際に支払った領収書などを添えて「交付申請」を行うという2段階のステップになることが一般的です。
一度登録すれば、その後は毎回の報告だけで済むことが多いので、最初の登録作業だけ頑張って済ませてしまいましょう。もし不明点があれば、電話で「不登校支援の補助金について聞きたい」と伝えれば、担当部署につないでもらえます。
領収書や在籍証明書など用意すべき書類一覧
申請時に慌てないよう、あらかじめ必要な書類を準備しておきましょう。自治体によって多少異なりますが、一般的に求められるのは以下のような書類です。特に領収書は捨てずに保管しておくことが必須です。
・交付申請書(自治体指定の用紙)
・フリースクールの利用料を支払ったことがわかる領収書(原本または写し)
・フリースクールが発行する「在籍・出席証明書」
・学校長が発行する「出席扱い」に関する確認書類
・世帯の所得を証明する書類(住民税課税証明書など)
・振込先口座がわかる通帳のコピー
特に重要なのが、フリースクール側で記入してもらう書類です。スクールのスタッフはこうした手続きに慣れていることが多いので、「自治体の補助金を申請したいので、証明書をお願いします」と早めに相談しておくとスムーズです。
申請時期や締め切りを逃さないためのポイント
補助金申請で最も気をつけたいのが「締め切り」です。自治体の予算には限りがあるため、申請期間が厳密に定められています。多くの場合は、四半期ごと(3ヶ月に1回)や、半期ごと(6ヶ月に1回)にまとめて申請を受け付けます。
例えば、4月〜6月分の費用を7月に申請するというスケジュールになっている場合、7月の締め切りを過ぎてしまうと、その3ヶ月分の補助が一切受けられなくなる恐れがあります。カレンダーやリマインダーに申請月を登録しておくのがおすすめです。
また、自治体の広報紙や公式LINE、ホームページを定期的にチェックする習慣をつけましょう。年度の途中で制度が新設されたり、予算が追加されたりすることもあります。情報を早くキャッチすることが、損をしないためのコツです。
補助金以外でフリースクールの費用を抑える方法

住んでいる自治体に補助金制度がなかったり、対象外になってしまったりした場合でも、諦めるのはまだ早いです。公的な補助金以外にも、経済的負担を軽くするためのルートはいくつか存在します。
施設の奨学金制度や兄弟割引を活用する
フリースクールの中には、独自の「奨学金制度」や「減免制度」を設けているところがあります。運営母体がNPO法人などの場合、寄付金を原資として、経済的に困難な家庭の利用料を割り引く仕組みを持っていることがあります。
また、兄弟で通う場合の「兄弟割引」や、ひとり親世帯を対象とした「ひとり親割引」を導入しているスクールも少なくありません。こうした割引制度はホームページに大々的に書かれていないこともあるため、入会前の面談などで直接相談してみる価値があります。
「お金の相談をするのは気が引ける」と感じるかもしれませんが、フリースクールの運営者は、お子さんの学びの機会が失われることを一番に避けたいと考えています。正直に事情を話すことで、分割洗いや支払い時期の調整に応じてくれることもあります。
民間団体の助成金やNPOの支援プログラム
自治体ではなく、民間の財団法人や企業が実施している助成金プログラムもあります。例えば、不登校支援に力を入れている大規模なNPO団体が、全国の不登校児童を対象に「学びのクーポン」を配布するキャンペーンを行うことがあります。
こうした助成金は、期間限定であったり、抽選や選考があったりしますが、当たれば数万円から十数万円の支援が受けられる大きなチャンスです。SNS(特にXやInstagram)で「不登校 助成金」「フリースクール 支援」などのタグをフォローしておくと、最新情報を拾いやすくなります。
また、地域のボランティア団体が運営する「無料学習支援(学習支援塾)」を併用する方法もあります。毎日フリースクールに通うと高額になるため、週の半分を安価な学習支援の場にするなど、複数の居場所を組み合わせることでトータルコストを下げる工夫も有効です。
寄付やクラウドファンディングによる減免措置
最近の新しい動きとして、フリースクールがクラウドファンディングで資金を募り、その資金を使って「通いたくても通えない子」の授業料を無料化するプロジェクトなども見られます。特定のスクールに特化した支援ですが、こうした活動に積極的な施設を選ぶのも一つの手です。
また、ふるさと納税の仕組みを利用した支援も広がりつつあります。自治体がふるさと納税の使い道として「不登校児へのフリースクール利用補助」を掲げ、集まった寄付金を保護者へ分配する仕組みです。
こうした動きは、社会全体で不登校のお子さんを支えようというポジティブな変化の現れです。ご自身でクラウドファンディングを立ち上げるのはハードルが高いですが、そうした支援ネットワークを持っているスクールを探してみることは、長期的な安定につながるでしょう。
まとめ:フリースクール補助金の自治体一覧をチェックして負担を軽減しよう
フリースクールの利用料は、決して安いものではありません。しかし、お子さんにとっての「安心できる居場所」や「新しい学びの形」を守るために、活用できる制度は最大限に利用しましょう。
まずは、東京都や大阪市、千葉市などの先進的な事例を参考に、自分の住む自治体に補助金制度があるかを、自治体名と「フリースクール 補助金」などのキーワードで再確認してみてください。制度がない場合でも、交通費の助成や学校との出席扱いの連携など、できることは必ずあります。
申請には、学校との連携や領収書の保管、所得制限の確認など、いくつかの準備が必要です。少し手間はかかりますが、月数万円の補助は家計にとって大きな支えとなります。一人で悩まず、スクールのスタッフや地域の相談窓口、教育委員会の担当者に相談しながら、お子さんの未来を支える一歩を踏み出しましょう。




